১৯০২ সালের জুলাই মাসে খুলনার শিক্ষায় পৃষ্ঠপোষক শিক্ষানুরাগী শ্রী ব্রজলাল চক্রবর্তী (শাস্ত্রী) কলকাতার হিন্দু কলেজের আদলে ২ একর জায়গার উপর দৌলতপুরে হিন্দু একাডেমী নামে এটি প্রতিষ্ঠা করেন। হাজী মহম্মদ মহসীন ট্রাস্ট তার সৈয়দপুর এস্টেটের ৪০ একর জমি এই প্রতিষ্ঠানে দান করে এবং মাসিক ৫০ টাকা অনুদান বরাদ্দ করে। ১৯৬৭ সালের ১লা জুলাই তারিখে সরকারি কলেজে রূপান্তর করা হয়। কলেজটিতে ২১টি বিষয়ে পাঠদান করা হয়। এর মধ্যে ২১টি বিষয়ে স্নাতক পর্যায়ে এবং ১৬টি বিষয়ে স্নাতকোত্তর পর্যায়ে পাঠদান করা হয়, এছাড়াও প্রাইভেট স্নাতক(পাস) এবং স্নাতকোত্তর(১ম এবং শেষ পর্ব) কোর্স চালু আছে। ১৯৯৬ সাল থেকে উচ্চমাধ্যমিক স্তরে পাঠদান বন্ধ হলেও ২০১০ আবার উচ্চমাধ্যমিক স্তরে পাঠদান শুরু হয়েছে। বর্তমানে কলেজটিতে প্রায় ৩৫হাজার শিক্ষার্থী লেখাপড়া করছে এবং প্রায় দুইশত শিক্ষক কর্মরত আছেন।
দুইটি টিনশেড ঘরে ১৯০২ সালের ২৭ শে জুলাই থেকে প্রতিষ্ঠানটির ক্লাশ শুরু হয়। একটি বোর্ড অব ট্রাস্টির মাধ্যমে কলেজটি পরিচালনা করা হত যার সভাপতি ছিলেন শাস্ত্রী ব্রজলাল চক্রবর্তী। প্রথমদিকে সম্পূর্ণ আবাসিক এই প্রতিষ্ঠানটি 'চতুষ্পাঠী' এবং 'একাডেমি' নামে দুইটি শাখায় বিভক্ত ছিল। চতুষ্পাঠীর ছাত্রদের খাবার, পড়া এবং আবাসন খরচ প্রতিষ্ঠানের পক্ষ থেকে বহন করা হত। ১৯০৯ সালে সৈয়দ নওশের আলী এবং আটরা গিলাতলা নিবাসী মোঃ একরামউদ্দীনই প্রথম মুসলিম ছাত্র ভর্তি হন[৪] এবং পরবর্তীতে ১৯১০-১৯১১ সালে শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানটিতে প্রথম মুসলিম হোস্টেল নির্মিত হয়। মূল ভবনের বাইরে অবস্থিত এই মুসলিম হোস্টেলে আরবি এবং ফার্সি ভাষার ক্লাশ নেওয়া হত। পরে তৎকালীন শিক্ষা মন্ত্রী শেরে বাংলা এ কে ফজলুল হকের নির্দেশে কলেজে প্রথম মুসলমান শিক্ষকও নিয়োগ দেওয়া হয়।
প্রতিষ্ঠাকালে ঘাটভোগের (রূপসা উপজেলা, খুলনা) জমিদার ত্রৈলোক্যনাথ চট্টোপাধ্যায় জমি ক্রয় করে দেন। ১৯০৭ সালে শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানটি কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধিভুক্ত হয়। ১৯৪৪ সালে প্রতিষ্ঠাতা ব্রজলালের মৃত্যুর পরে কলেজের নামকরণ করা হয় ব্রজলাল হিন্দু একাডেমী। পরবর্তীতে একাডেমীকে কলেজে উত্তীর্ণ করা হয় এবং নাম সংক্ষিপ্ত করে বি এল কলেজ রাখা হয়। কলেজটি পরে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় পরে রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয় অধিভুক্ত হয় এবং এরপর থেকে এখন পর্যন্ত জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের অধিভুক্ত রয়েছে।